普通基因擴增儀只能夠定性地分析是否存在目標片段。但是價格要低很多，而且運行成本也要低很多。不過不能直接得到擴增結果，還需要做電泳檢測。實際中檢測遺傳疾病，品種分子標記篩選，甚至親自鑒定等都可以由普通基因擴增儀完成。

　　但是，某些需要定量的實驗就必須用到實時定量基因擴增儀了。比如檢測某些病原物的數量(血液乙肝病毒復制程度)，特定基因的表達量(比如結合反轉錄做的RNA定量分析)，某些基因在染色體組中拷貝數等等。熒光定量基因擴增儀一般不需要對擴增產物進行電泳分析，操作相對簡單些，但是耗材實在是貴。

　　簡單來說，普通基因擴增儀只能擴增，不能檢測，便宜。熒光定量基因擴增儀除了擴增，還能在擴增的同時檢測DNA發出的熒光信號，試劑和儀器都更貴。

　　恒溫熒光擴增儀原理：

　　標記有熒光素的TaqMan探針與模板DNA混合后，完成高溫變性，低溫復性，適溫延伸的熱循環，并遵守聚合酶鏈反應規律，與模板DNA互補配對的TaqMan探針被切斷，熒光素游離于反應體系中，在特定光激發下發出熒光，隨著循環次數的增加，被擴增的目的基因片段呈指數規律增長，通過實時檢測與之對應的隨擴增而變化熒光信號強度，求得CT值，同時利用數個已知模板濃度的標準品作對照，即可得出待測標本目的基因的拷貝數。